幕末の開港時、江戸幕府が蝦夷地の統治、外交などの業務を直接行うために、1864年に設置されました。箱館戦争では旧幕府脱走軍の本拠地となり戦争終結後の1871年に建物は解体されましたが、約140年後の2010年、当時の姿を忠実に再現した「箱館奉行所」が復元・オープンしました。