博物館本館には日本最大量を誇る中世の志海苔古銭を含む考古資料、アイヌ風俗画などの美術工芸資料、ペリー来航、ハイカラ文化、函館大火に関する歴史資料、函館の古き良き時代を物語る民俗資料、自然科学の分野では、地質／鉱物／化石資料の他に北海道内外の動植物資料が収蔵・展示されています。地質／鉱物／化石資料については現在2000点ほどが本館に収蔵・展示されています。